下痢と寝起き。
関連性がよく分からないと思います。

寝起きというのも寝起き時の口の中ということです。
突然ですが、寝起き時の口の中ってどうなってますか?

なんか粘りつくような唾液がありませんか?

その理由なんですが、睡眠中は唾液分泌が抑制されているので口腔内細菌は増えてきます。
睡眠時間にもよりますが、8時間以上睡眠した後の起床直後の唾液1ccの細菌数は、
おおよそ糞便1グラムの10倍量と言われています
これは「う〇こ10グラム量の細菌がいる」と考えると想像しやすいかもしれません。
 
そういった状態の唾液を飲み込むとどうなるのか?
当然ながらお腹の弱い人は下痢をしやすくなると思われます。

私は以前、悪い習慣がつき夜寝る前に歯を磨かずに寝てしまうことが多い時がありました。

その習慣があったときは、翌朝起きてからちょっとしてお腹が痛くなり下痢をする事も度々ありました。
その時は、何も食べていないしお腹を冷やしたわけでもないのになぜ下痢をするのだろう?
体の不調も考えましたが、今考えれば当然の結果だったのかもしれません。

普通に歯を磨いて寝ても翌朝の口内にはかなりの細菌が繁殖するようです。
それを歯を磨かずに寝ればどんな事になるのか?お腹の弱い私が下痢をするのも当然ですね。

幸い、その習慣は「口が臭くなる」ことを自覚しやめる事ができましたが、
もしやめる事ができなかったら、今も原因が分からない下痢で苦しんでいたかもしれません。
くれぐれも、寝る前には歯を磨きましょう。そして起きた後は少なくともうがいはしましょうね。